Samodzielne Stanowisko ds. Spraw Pracowniczych i Marketingu prowadzi rejestry wynikające z prawa pracy oraz:
- Rejestr umów zawartych z zakładami pracy na badania profilaktyczne.
- Rejstr skarg i wniosków.
- Rejestr osób uprawnionych do elektronicznej weryfikacji uprawnień do świadczeń zdrowotnych (e-WUŚ).
- Ewidencja osób upoważnionych do przetwarzania danych osobowych w systemie informatycznym lub w zbiorze w wersji papierowej.
- Ewidencja zbiorów danych osobowych w WOMP Toruń.
- Ewidencja incydentów naruszenia bezpieczeństwa danych osobowych.
- Ewidencja udostępnienia danych osobowych w WOMP Toruń.
Dział Administracyjno-Eksploatacyjny prowadzi następujące rejestry:
- Rejestr zamówień publicznych.
- Rejestr recept lekarskich.
- Rejestr pieczęci.
- Rejestr korespondencji wychodzącej i przychodzącej.
- Rejestr wydanych zarządzeń i poleceń służbowych.
- Rejestr kontroli zewnętrznych.
- Wykaz stanowisk komputerowych.
- Wykaz haseł komputerowych.
Dział Organizacji, Nadzoru i Szkolenia prowadzi następujące rejestry:
- Wykaz podjęcia lub zakończenia działalności psychologów wykonujących zadania z zakresu profilaktycznej opieki zdrowotnej nad pracującymi.
- Rejestr lekarzy przeprowadzających badania profilaktyczne pracowników.
- Wykaz zgłoszeń podjęcia/zakończenia działalności lekarzy praktykujących indywidualnie, wykonujących zadania podstawowych jednostek służby medycyny pracy.
- Wykaz zgłoszeń podjęcia i zakończenia działalności pielęgniarek praktykujących indywidualnie, wykonujących zadania z zakresu podstawowej jednostki służby medycyny pracy.
- Rejestr wniosków o udostępnienie informacji publicznej.
Dział Finansowo-Księgowy prowadzi rejestry zgodnie z wymogami obowiązujących przepisów, w oparciu o które działa.