Wartość majątku określają:
1. Fundusz założycielski
2. Fundusz Wojewódzkiego Ośrodka Medycyny Pracy
Gospodarka finansowa jest prowadzona na podstawie przepisów ustawy o rachunkowości oraz Statutu Wojewódzkiego Ośrodka Medycyny Pracy.
Wojewódzki Ośrodek Medycyny Pracy samodzielnie gospodaruje przekazanymi w nieodpłatne użytkowanie nieruchomościami i majątkiem Samorządu Województwa Kujawsko-Pomorskiego oraz majątkiem własnym - zakupionym lub otrzymanym.