Wartość majątku określają:
1. Fundusz założycielski
2. Fundusz Kujawsko-Pomorskiego Ośrodka Medycyny Pracy w Toruniu
Gospodarka finansowa jest prowadzona na podstawie przepisów ustawy o rachunkowości oraz Statutu Kujawsko-Pomorskiego Ośrodka Medycyny Pracy.
Kujawsko-Pomorski Ośrodek Medycyny Pracy w Toruniu samodzielnie gospodaruje przekazanymi w nieodpłatne użytkowanie nieruchomościami i majątkiem Samorządu Województwa Kujawsko-Pomorskiego oraz majątkiem własnym - zakupionym lub otrzymanym.