Wojewódzki Ośrodek Medycyny Pracy w Toruniu jest samodzielnym publicznym zakładem opieki zdrowotnej, którego organem założycielskim jest Samorząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego.
Wojewódzki Ośrodek Medycyny Pracy działa na podstawie:
1. Ustawy z dnia 27 czerwca 1997r. o służbie medycyny pracy (tj. Dz. U. z 2004r. Nr 125, poz.1317),
2. Ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 roku o działalności leczniczej (tj. Dz.U. z 2011r. Nr 112, poz. 654),
3. Zarządzenia nr 41/80 Wojewody Toruńskiego z dnia 2 grudnia 1980r. w sprawie utworzenia Przemysłowego Specjalistycznego Zespołu Opieki Zdrowotnej w Toruniu,
4. Zarządzenia nr 66/98 Wojewody Toruńskiego z dnia 19 sierpnia 1998r. w sprawie przekształcenia Wojewódzkiego Ośrodka Medycyny Pracy w Toruniu w samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej,
5. Rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów z dnia 22 czerwca 2001r. w sprawie wykazu samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej, które zostały przejęte przez gminy, powiaty i samorządy województw (Dz. U. Nr 65, poz. 653),
6. Innych obowiązujących przepisów dotyczących samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej,
7. Statutu Wojewódzkiego Ośrodka Medycyny Pracy w Toruniu.
Wojewódzki Ośrodek Medycyny Pracy w Toruniu jest wpisany do Rejestru Zakładów Opieki Zdrowotnej, prowadzonego przez Wojewodę Kujawsko-Pomorskiego, pod numerem księgi rejestrowej 000000002393 oraz w Krajowym Rejestrze Sądowym zarejestrowanym w Sądzie Rejonowym w Toruniu VII Wydział Gospodarczy Krajowego Rejestru Sądowego pod numerem 0000001988.